1. Đóng mã số ĐVQHNS là việc Cơ quan Tài chính xác định mã số ĐVQHNS không còn giá trị sử dụng. Mã số ĐVQHNS đóng khi đơn vị dự toán, đơn vị sử dụng ngân sách Nhà nước có các quyết định chấm dứt hoạt động hoặc chấm dứt vai trò là đơn vị dự toán; các đơn vị được chuyển đổi loại hình hoạt động từ loại hình các đơn vị khác có quan hệ với ngân sách (N=3) thành các đơn vị dự toán, đơn vị sử dụng ngân sách Nhà nước (N=1, 2) và ngược lại; các dự án đầu tư được chủ đầu tư thực hiện xong việc hoàn thành dự án và quyết toán kinh phí dự án đầu tư. Mã số ĐVQHNS đã đóng thì Giấy chứng nhận mã số ĐVQHNS điện tử sẽ không còn hiệu lực.
2. Vào ngày đầu tháng hai (02) hàng năm Cơ quan Kho bạc Nhà nước tiến hành rà soát, tổng hợp danh sách các đơn vị đã được cấp mã số ĐVQHNS và mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước nhưng không có dự toán kinh phí, không tiến hành giao dịch tại Kho bạc Nhà nước trong 02 năm liên tiếp, các tài khoản của đơn vị sử dụng ngân sách, dự án đầu tư đã tất toán tài khoản, đã đóng tài khoản theo Bảng thống kê các đơn vị có quan hệ với ngân sách ngừng hoạt động (mẫu số 08-MSNS-BTC) tại Phụ lục kèm theo Thông tư này để gửi cho Cơ quan Tài chính đồng cấp, Cơ quan Tài chính đồng cấp rà soát và thực hiện đóng mã số ĐVQHNS, đồng thời thông báo công khai trên Dịch vụ công trực tuyến danh mục các mã số đã đóng.
3. Khi mã số ĐVQHNS đã đóng nhưng cần phải mở lại do yêu cầu của kiểm toán, thanh tra thì Kho bạc Nhà nước có văn bản gửi Cơ quan Tài chính đồng cấp để mở lại mã số ĐVQHNS đã cấp.